1912年徐宝山倒向袁世凯,表示所部愿属北洋政府节制,袁世凯心腹蒋雁行从江北军政府都督改任江北护军使,这年2月蒋雁行拉拢马玉仁改编第十五标为第四十七团,隶属第二十三旅张仁奎部,不久蒋雁行调任北洋军政府陆军部刘之洁继任护军使,5月刘命令马玉仁团及东海县民政长袁士猷剿灭沭阳县娄山镇、金家圩、高塘沟等处土匪,马玉仁率部在娄山镇三战三捷,袁世凯给予传令嘉奖,5月15日马玉仁因在阜宁县、东海县等地迭次剿匪有功,又获得一等金色奖章,此时马部已拥有马、步、炮三个营,实力较其它团为强。
1913年5月底,徐宝山被陈其美所派的张静仁、黄复生等谋杀,徐死后由其弟徐宝箴代理军长,不久驻防江阴的第七十四旅全军哗变,徐军改为江苏陆军第四师,徐宝箴任师长,马玉仁的第四十七团缩编为护军营,马改任营长是年夏革命党人发动讨袁的“第二次革命”,袁世凯派张勋由徐州南下攻打革命党人,委任冯国璋为江苏督军,张、冯组织力量准备攻打南京,改徐宝箴的第四师为第二军,马玉仁接受书记官辰宦献计,致电袁愿为效力,袁遂下令升马为混成旅旅长,马乘机将原有护军营的马、步、炮、辎重各队扩编成旅,马奉张、冯之命,任攻宁西路支队长,8月1日在六合一带打败国民党人原安徽都督柏文蔚部缴获甚多,袁授马为陆军少将奖三等文虎章一座,8月12日,马率领混成旅由六圩渡江攻克镇江威震沪宁线,8月18日奉命西进击败驻龙潭的讨袁军,严重威胁南京城,中外报纸争刊马旅战讯名噪一时,张、冯任马为攻宁东线前敌司令,节制东线定武军及第二军有关旅团,马从龙潭出发克栖霞、占钟山、攻南京血战十昼夜,9月1日首破太平门,入城后又巷战两昼夜打败国民党人黄兴部队,由是讨袁军和江苏军对马刮目相看,北洋政府于11月28日攫升马玉仁为陆军中将,实授扬州游击统领,因扬州盐运使张弧等以马军纪不佳而阻其入城驻营,冯国璋乃指令马部机构驻十二圩。
1914年5月袁授予马三等嘉禾章一座了,7月随苏皖巡阅使宣武上将冯国璋进京晋见袁世凯,被赏五狮军官刀一柄,1916年3月马玉仁因办陈小狮子案出力,又被赏军刀一柄,5月冯国璋委任马玉仁为第一混成旅旅长,马任混成旅旅长时深感文化不高常被同僚们取笑,于是延聘第六师范教师做家庭教师,立好读书习字课程表,马玉仁立正听课老师请坐马方就坐听课,子侄等读书立三等奖励,甲等为洋琴一台乙等为手表一只,丙等笔墨文具一套,一时马宅内书声啷啷读书识字、学琴画画蔚然成风,纸牌麻将销声匿迹,6月袁世凯复辟称帝在人民的唾骂声中死去,冯国璋任副总统冯为拉拢亲信扩大势力,授予马玉仁总统府咨议头衔。
5奔赴疆场:抗日战争爆发后,马玉仁目睹日军实行“三光”政策,热血沸沸曾说:“天下兴亡匹夫有责,正为男儿立志时吾老矣,吾尤将吾未亡之躯,奔赴疆场马革裹尸,何所惧哉 ”好心人劝他“不要冒这个险”他说“山河破碎人心肝碎,日月不圆我火燃”,“我就是要找这个好死场”,逐集训佃户中青壮年准备抗日,不久蒋介石任命马玉仁为苏鲁战区第一路游击司令,他集资购买武器弹药自费抗日,孤军转战海口与阜城之间,每次战斗必身先士卒,竭力用命一年多时间,与日军作战十多次,比较激烈的有6次,共毙伤日伪军80多人,击毁日军汽艇1艘,钉掉劝降的汉奸,马部参谋长金新吾,枪毙为非作歹的嫡侄马益华,他反复告诫所部官兵,“谁当汉奸我就打死谁?”从而伸张了正义鼓舞了士气。
1940年1月3日,马玉仁在新吴乡合尖(今陈洋镇新条村)和日军打仗时,开始战士畏惧不敢冲锋马玉仁身先士卒,物举冲锋枪冲在最前面,边冲边喊“子弹不打有福的孩子”战斗中不幸小腿受伤腹部中弹,他料到这次性命难保,便解下围巾包了自用手枪和金项链、怀表、抛出丈外,以免被日军识破受辱,马玉仁终因流血过多去世终年65岁。